Mnoga imena su spominjana kao potencijalni autori rukopisa. Ipak do danas ni taj deo misterije nije otkriven. Postoje samo teorije o autoru koje još uvek nemaju kvalitetnih dokaza kako bi se potvrdile ili barem istaknule. Među potencijalnim autorima se spominju:
Rožer Bejkon – Johannes Marcus šalje rukopis Kirčeru 1666. i u pismu piše kako je, prema njegovom pokojnom prijatelju Raphaelu Mnishovskyom, rukopis kupljen od strane Rudolfa II – cara svetog rimskog carstva (između 1552-1612) za 600 dukata. Prema caru Rudolfu II autor rukopisa bio je franjevac i naučnik – Rodžer Bejkon (1214-1294). Uprkos činjenici da Marcus u pismu iznosi kako se ne slaže s tim tvrdnjama, sam Vojnić će nekoliko vekova kasnije intenzivno raditi na potvrdi te teorije. Istoričari i dobri poznavaoci Bejkonovog rada i opusa ne slažu se s tom teorijom i tvrde kako ona nije moguća.
Edvard Keli – Teorija o Keliju usko je vezana uz teoriju o Bejkonu. Naime u obe situacije spominje se Džon Di – matematičar i astrolog kraljice Elizabete I koji je dobro poznavao i Bejkona i Kelija.
Edvard Keli je bio misteriozan i samouki alhemičar. Tvrdio je kako poseduje znanje kojim može pretvoriti bakar u zlato. Svoje mogućnosti pripisvao je tajnom prahu kojeg je navodno sam iskopao iz biskupskog groba negde u Velsu.
Keli je, takođe, tvrdio kako je u nekoliko navrata razgovarao s anđelima i pritom naučio njihov jezik – Enokijski. Legenda, takođe, kaže da je bio u obilasku samog Rajskog vrta i nakon povratka je napisao knjigu o onome šta je tamo video. Mnogi obožavatelji paranormalnog utvrdiće kako je upravo on autor rukopisa, a sam rukopis je stoga pisan anđeoskim jezikom i abecedom.
Ipak mnogi istoričari dobro poznaju rad starog lukavca Edvarda Kelija – naime tih godina on je već dobivao velike novčane iznose iz kraljevske blagajne za svoje alhemičarske eksperimente. Da bi osigurao stalni priliv novca morao je tu i tamo ubaciti i pokoju priču o nadprirodnim silama koje komuniciraju s njim.
Sam Vilfrid Vojnić – Teoretičari koji vole pripisivati misterije raznim zaverama iznijeli su ideju da je možda sam Vojnić napisao rukopis i stvorio ‘misterioznu’ knjigu koja bi tako dobila na vrednosti.
Ova teorija je ipak jako teško opravdana zbog činjenice da Vojnić nikada nije ni pokušao prodati rukopis, isto kao ni njegova žena Etel.
Svi ozbiljniji istraživači rukopisa ovu teoriju odbacuju kao nevažeću.
Preskot Kurier – kriptograf američke mornarice prvi je izneo teoriju o više autora. Prema njemu uočljive su razlike u rukopisu što bi značilo da je rukopis delo dva ili više autora.
Prema najnovijim istraživanjima ova teorija je donekle odbačena – mnogi stručnjaci za rukopis pregledavanjem cele knjige slažu se da ju je napisala jedna osoba.
Prema nekim teorijama Vojnićev rukopis zapravo je mitska ‘zla’ demonska knjiga Nekronomikon o kojoj je često pisao znameniti horor pisac H.P.Lovekraft. Uprkos tome što se Nekronomikon spominje samo u fiktivnim delima kao što su ‘The Call of Cthulhu’ mnogi poklonici Lovekrafta veruju da je Nekronomikon stvarna knjiga na temelju koje je Lovekraft zasnovao većinu svojih priča.
Nekronomikon je tako postala kultna knjiga za koju se veruje da onaj koji ju pročita trajno izgubi razum, ponajpre zbog sadržaja i univerzalnih otkrića koje ljudski um nemože obraditi.
