Još jedna misterija vezana za Šekspira obelodanjena je kao rezultat arhivskih istraživanja dvojice istoričara, Grema Filipsa i Martina Kitmana. Po tim istraživanjima, Viljem Šekspir je bio agent tajne policije Kraljice Elizabete Prve.Njegov zadatak bio je da izveštava o raspoloženjima katolika i stranaca koji su boravili u Engleskoj i neprekidno stvarali mreže zavera protiv kraljice-protestantkinje. Šekspir je, navodno, bio u sastavu grupe koju je formirao šef obaveštajne službe kraljice Elizabete, ser Frensis Vilsinghejm. Grupa se sastojala od dramatičara, pisaca i glumaca. Agenti su prisluškivali razgovore stranaca po pabovima, ali su crpeli informacije i iz beseda aristrokata koji su vodili boemski život. U sastavu te mreže nalazili su se i poznati dramatičar Kristofer Marlo i mecena Šekspira lord Stendž i drugi ‘javni predstavnici kulture’.
Viljem Hol – takav je pseudonim imao Šekspir u dokumentima tajne policije nije igrao samo ulogu informatora. Koristeći svoj ugled u Evropi, on je, ne izazivajući sumnju, putovao u razne zemlje i dostavljao tajne poruke kraljici Elizabeti. Najčešće su to bila putovanja u Holandiju i Dansku. Na jednom takvom ‘službenom’ putvanju Šekspir je posetio Prag i predao dvorskom alhemičaru Kelmi tajnu poruku od državnog sekretara Velike Britanije.
Za takva Šekspirova putovanja izdvajano je po 25 funti, što je bilo sasvim dovoljno ne samo za prijatno putovanje, već i za podmićivanje činovnika dotične zemlje. Tajne usluge koje je obavljao, donosile su Šekspiru velike honorare. Po mišljenju istraživača, u piščevim ambarima u Stratfordu odvijale su se burne komercijalne transakcije. Na svojim putovanjima Agent Šekspir sećao se ne samo državnih stvari, već i sopstvene koristi. Ipak, trgovinske operacije u Stratfordu Šekspir je navodno obavljao preko posrednika – jer otkud bi pesnik i lutalica mogao imati toliki novac?
Ova Šekspirova uloga u tajnoj policiji možda je i ključna stvar koja baca svetlo na pravog autora ‘Šekspirovih dela’ i još više produbljuje misteriju vezanu za njega, jer ako je Šekspir imao tako opsežno delatnost u tajnoj službi, može se zaključiti da je on imao vremena da napiše samo nekoliko soneta i eventualno jedan pozorišni komad, a ne i sva ona remek dela koja mu se pripisuju!